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厕所里的韭菜之所以被称为臭菜，主要是因为它的气味比较刺鼻。韭菜本身含有较多的硫化物，这些化合物在韭菜被切割或破损后会与空气中的氧气反应产生硫化氢等有刺激性气味的挥发物质。而厕所环境中的空气相对封闭，通风不畅，容易使这些气味在厕所内弥散。
另一方面，秀才在此句中的意思是指高学历的人。在中国传统文化中，高学历的人通常以知识渊博、能力高超而受到尊重。而"厕所里的韭菜"这个比喻往往用来形容那些知识面狭窄、见识不足的人。厕所里的韭菜是一种相当低俗的比喻，用以调侃其学识水平的不足。
"厕所里的韭菜为什么是臭菜"这个歇后语意味着韭菜在厕所里散发出的刺鼻气味以及对知识面狭窄的人的嘲讽。